Segundo o governo, o objetivo é provocar uma reflexão não só sobre a importância do marco da Independência do Brasil em si, mas também sobre todos os desdobramentos num espectro mais amplo que o histórico. As questões da Olimpíada vão abranger vários temas como literatura, pintura, matemática, história, geografia, geopolítica, música, entre outros.
A Olimpíada do Bicentenário da Independência será dividida em duas categorias: sênior e júnior. Na primeira, participam estudantes nascidos de 1° de janeiro de 2004 a 31 de dezembro de 2007, desde que não estejam matriculados em algum curso superior. Já a categoria júnior é voltada para estudantes nascidos a partir de 1º de janeiro de 2008. As provas serão divididas em quatro fases, incluindo provas virtuais e presenciais.
